بر اساس سند «نگاه راهبردی به بنیاد علوی با رویکرد تحولی»، مهمترین هدف بنیاد علوی «آبادانی و پیشرفت مناطق محروم و روستایی، توانمندسازی اقشار ضعیف و نقش آفرینی در ارتقای عدالت اجتماعی-اقتصادی در حوزه های مأموریتی بنیاد» است.

در راستای تحقق این هدف، در سند ابلاغی سه مأموریت محوری به شرح ذیل برای بنیاد علوی تعیین گردیده است:

1. پیشرفت اقتصادی مناطق محروم و روستایی مبتنی بر اشتغال زایی و درآمد پایدار
2. توسعه و ارتقای سلامت با تاکید بر اقدامات پیشگیرانه و گلوگاه های حساس و حضور موثر و اهرمی در توسعه فناوری های نوین سلامت
3. ارتقای عدالت آموزشی با تاکید بر جمعیت دانش آموزی و تامین شرایط خاص برای استعدادهای برتر